長期優良住宅で使える補助金！減税や金利の優遇などメリットを解説

長期優良住宅の認定を受けると、新築の補助金に加えて、住宅ローン減税や登録免許税・不動産取得税・固定資産税の軽減、地震保険料の割引といった優遇措置を組み合わせて利用できます。ただし、補助金は年度ごとに事業名や金額が変更されるため、検討している時期に利用できる制度を事前に確認しないと、古い制度名のまま計画を立ててしまう恐れがあります。

この記事では、2026年度に利用できる新築の補助制度をはじめ、認定に必要な性能水準、税制優遇の内容、申請の手順について整理して解説します。

※この記事に掲載されている価格は、2026年までの相場を参考にしています。昨今の物価高騰に伴い、価格は随時変動する可能性がございます。最新の詳細な価格につきましては、必ず直接店舗までお問い合わせください。

2026年度に使える長期優良住宅の補助金はどれ？

国の住宅補助金は単年度の予算で編成されており、事業名や補助額は年度ごとに改定されます。検索で見つかる解説記事には、受付が終了した制度が掲載されたままになっているケースも多いため、まずは「対象年度に実施されている制度」を把握することが重要です。

みらいエコ住宅2026事業の補助額

2026年度に長期優良住宅の新築で利用できる国の補助金は「みらいエコ住宅2026事業」です。国土交通省・環境省・経済産業省の3省が連携して推進する「住宅省エネ2026キャンペーン」を構成する事業の1つであり、長期優良住宅のほかにGX志向型住宅やZEH水準住宅も補助対象となっています。

長期優良住宅の補助額は1戸あたり80万円（地域区分1〜4地域）または75万円（同5〜8地域）です。地域区分は省エネ基準に基づいて全国を寒冷地から温暖地まで分類したものであり、建築予定地によって適用される額が決定します。

なお、建て替えに伴い旧住宅の解体（除却）を行う場合は、長期優良住宅であれば1戸あたり20万円が加算されます。

みらいエコ住宅2026事業における新築の補助額（1戸あたり）

対象となる住宅	1〜4地域	5〜8地域	世帯の要件
GX志向型住宅	125万円	110万円	要件なし
長期優良住宅	80万円	75万円	子育て世帯または若者夫婦世帯
ZEH水準住宅	40万円	35万円	子育て世帯または若者夫婦世帯

長期優良住宅の補助金の対象になる世帯の条件

長期優良住宅およびZEH水準住宅の新築補助は、補助対象者が子育て世帯または若者夫婦世帯である場合に限定されます。子育て世帯は申請時点で18歳未満の子を有する世帯、若者夫婦世帯は申請時点で夫婦であり、いずれかが39歳以下の世帯が対象となります。

一方、GX志向型住宅の新築にはこのような世帯要件が設定されていません。世帯要件を満たさない場合であっても、建物性能をGX志向型住宅の水準まで引き上げることで補助対象となる可能性があります。性能向上に伴う追加費用と補助額のバランスを考慮し、全体の費用対効果を高めるためには、設計の初期段階で比較試算を行っておくことが推奨されます。

終了した補助金制度との混同に要注意

長期優良住宅の補助金として実績のあった子育てエコホーム支援事業は、2024年12月31日をもって交付申請の受付を終了しました。また、地域材の活用を支援していた地域型住宅グリーン化事業についても、すでに事業自体が終了しています。Web上には旧制度の名称や補助額を掲載したままの記事も多く残っているため、検索時には必ず公式サイトで最新の受付状況をご確認ください。

国の補助事業には申請期限と予算枠が設定されており、予算上限に達した時点で受付が締め切られます。年度後半に検討を開始すると申請が間に合わない場合もあるため、補助金の利用を前提とする場合は、契約前の段階から住宅会社と申請スケジュールを共有しておくことが重要です。

自治体ごとの補助制度の調べ方

国の制度に加えて、都道府県や市区町村などの自治体が独自の補助制度を実施している場合もあります。長期優良住宅の認定取得自体を対象とするもののほか、地域産材の使用や三世代同居に対する加算など、支援内容は自治体ごとに異なります。

なお、国の補助金と自治体の補助金を併用できるかどうかは、自治体ごとの規程によります。同一の工事に対して重複して国費が充当されるのを防ぐ目的で、併用制限が設けられているケースもあります。建築予定地の自治体の住宅担当窓口にて、募集状況や適用要件、国の制度との併用可否について事前に相談しておくと確実です。

長期優良住宅の補助金の前提となる住宅の基準とは？

各種補助金や優遇措置を受けるためには、長期優良住宅の認定を取得していることが前提条件となります。認定基準は「長期にわたり良好な状態で使用できる住宅」であることを担保するためのものであり、住宅性能表示制度の等級基準を中心に評価されます。

補助金の認定に必要な性能の水準リスト

新築一戸建て住宅で求められる主な認定水準は以下のとおりです。省エネルギー性に関しては、断熱等性能等級5および一次エネルギー消費量等級6の両方に適合する必要があります。これは2022年10月にZEH水準へ引き上げられた基準であり、それ以前の基準を元にした情報とは内容が異なりますのでご注意ください。

• 劣化対策：劣化対策等級3に適合し、かつ構造の種類に応じた基準を満たすこと
• 耐震性：耐震等級（倒壊等防止）2以上に適合すること（等級1に適合したうえで安全限界時の層間変形を一定値以下に抑える手法や、免震建築物とする手法も認められています）
• 維持管理・更新の容易性：維持管理対策等級（専用配管）3に適合すること
• 省エネルギー性：断熱等性能等級5かつ一次エネルギー消費量等級6に適合すること

耐震性や省エネルギー性の要件は、構造計算や断熱仕様の選定に大きく影響します。標準仕様で基準を満たせない項目がある場合、認定取得のために仕様変更や追加工事費用が発生します。どの項目で追加費用が生じるのかについて、お打ち合わせの初期段階で見積書を出してもらうことで、計画の変更によるトラブルを防ぐことができます。

なお、省エネルギー性能に関して認定を受ける制度は長期優良住宅のみではありません。二酸化炭素の排出抑制に着目した低炭素住宅の認定制度と税制優遇の内容も把握しておくことで、ご自身の計画に最適な制度を選択しやすくなります。

住戸面積と維持保全計画も必要

認定の取得には、性能基準だけでなく住宅の規模や維持管理計画も要件として定められています。一戸建て住宅の場合、住戸面積が75㎡以上であり、かつ1つの階の床面積が40㎡以上であることが必要です。ただし、地域の実情に応じて所管行政庁が面積基準を調整できる仕組みがあり、その場合であっても55㎡が下限値とされています。

維持保全計画においては、構造耐力上主要な部分、雨水の浸入を防止する部分、および給排水設備について点検時期や内容を定め、少なくとも10年ごとに点検を実施するよう計画を作成します。長期優良住宅は単に認定を受けるだけでなく、計画に基づいた継続的な点検と維持管理を行うことが前提の制度です。

定期的な点検や維持補修は、認定の有無にかかわらず住宅の維持管理に不可欠な費用です。長期的に必要な費用の目安については、戸建ての維持費を年間ベースで試算した記事にて詳しく解説しています。

補助金以外にも！長期優良住宅を建てると使える税や保険料の優遇制度

長期優良住宅を取得する経済的なメリットとしては、補助金以上に税制優遇による節税効果が大きくなる場合があります。所得税・登録免許税・不動産取得税・固定資産税のそれぞれにおいて、一般住宅よりも有利な特例措置が用意されています。

ローンを使わない場合の投資型減税

住宅ローンを利用せずに自己資金等で長期優良住宅を新築した場合は、「認定住宅等の新築等をした場合の所得税額の特別控除（投資型減税）」が適用可能です。これは標準的な性能強化費用として床面積1㎡あたり45,300円（上限650万円）を計上し、その10％に相当する最大65万円を所得税額から控除できる仕組みです。適用期限は2028年12月31日までの居住開始分とされています。

登録免許税・不動産取得税・固定資産税の軽減

不動産の登記や取得にかかる税金についても税率や控除額の優遇措置が受けられます。所有権保存登記の登録免許税率は、一般住宅の特例税率0.15％に対して長期優良住宅では0.1％に軽減されます。また、所有権移転登記においては一般住宅特例の0.3％に対し、一戸建ての長期優良住宅では0.2％となります。これらの特例措置の適用期限は2027年3月31日です。

不動産取得税においては、課税標準からの控除額が一般住宅特例の1,200万円から1,300万円へ拡充されます。さらに固定資産税では、新築住宅の税額を2分の1に減額する特例の適用期間が、一戸建ての場合一般住宅の3年間から5年間に（マンション等は5年間から7年間に）延長されます。不動産取得税および固定資産税の軽減特例は、いずれも2031年3月31日までに新築された住宅が対象となります。

地震保険料の耐震等級割引

長期優良住宅で求められる高水準の耐震性は、地震保険料の節減にも寄与します。耐震等級割引の割引率は、等級2で30％、等級3で50％、等級1で10％に設定されています。長期優良住宅の基準である耐震等級2を満たしていれば30％、さらに設計を強化して等級3を取得した場合は50％の割引が適用されます。

地震保険には耐震等級割引のほか、免震建築物割引（50％）、耐震診断割引（10％）、建築年割引（10％）が存在します。ただし、これらの割引制度は重複して適用することはできず、該当する割引のうち最も高い割引率の1つのみが適用される点にご注意ください。新耐震基準以降に建築された住宅であれば標準で建築年割引10％が適用可能なため、耐震等級割引を適用した際の実質的な優遇幅はその差分となります。

住宅ローン減税の借入限度額に関する注意点

2026年に入居する場合、長期優良住宅および低炭素住宅の新築における借入限度額は4,500万円（子育て世帯等は5,000万円）となり、控除期間は13年間、控除率は年末ローン残高の0.7％です。なお、ここで定義される「子育て世帯等」は「19歳未満の子を有する世帯」または「夫婦のいずれかが40歳未満の世帯」を指し、補助金の適用要件とは定義が異なる点にご注意ください。

注意点として、省エネ基準を満たさない「その他の住宅」の新築は、2026年入居分より住宅ローン減税の対象外となっています。単に控除限度額に差があるだけでなく、一定の性能を満たさなければ制度自体が利用できない仕組みへ変更されています。

借入限度額5,000万円に対し控除率0.7％を乗じた年間35万円が最大控除額であり、13年間の最大控除総額は理論上455万円となります。ただし、これはローン残高が常に上限を維持した場合の試算値です。実際の返済に伴い年末残高が減少すれば実際の控除額も減額されるほか、納付している所得税額等を超える控除は受けられません。詳細については住宅ローン控除の適用条件と手続きの流れをご参照の上、適切な試算を行ってください。

このほか、所得要件として合計所得金額2,000万円以下、床面積要件として40㎡以上（合計所得金額1,000万円超の方および子育て世帯等向け上乗せ措置の適用を受ける方は50㎡以上）が設定されています。本特例の適用期限は2030年12月31日までの入居分となります。

項目	一般住宅	長期優良住宅
住宅ローン減税の借入限度額（新築・2026年入居）	省エネ基準適合住宅は2,000万円、その他の住宅は対象外	4,500万円（子育て世帯等は5,000万円）
所有権保存登記の登録免許税	0.15％	0.1％
所有権移転登記の登録免許税	0.3％	0.2％（一戸建て）
不動産取得税の控除額	1,200万円	1,300万円
固定資産税の2分の1減額期間（一戸建て）	3年間	5年間

認定と補助金の申請で押さえておきたいこと

長期優良住宅の認定は、建築後に事後申請することはできません。申請の手順を誤ると認定を受けることが不可能になるため、どのタイミングで何の手続きを行うべきか、設計初期段階からスケジュールを正確に把握しておく必要があります。

認定申請は着工前に出す

長期優良住宅の認定申請は、建築および維持保全に関する計画を作成し、必ず着工前に所管行政庁へ提出しなければなりません。建築確認申請と一体で審査を受ける手続きも用意されていますが、これは選択肢の1つであり義務ではありません。また、着工前に申請手続きを完了していれば、認定通知の交付前であっても着工を開始することは制度上認められています。

一般的な実務の流れとしては、基本設計の段階で認定基準への適合状況を確認し、詳細設計が確定した段階で正式な申請を行います。その後、認定通知書が発行されたことを受けて、補助金交付手続きや税制優遇の申請へと進みます。

補助金の申請期限と予算枠を要チェック

補助金の受給手続きは、認定手続きとは別に各事業の指定期間内に行う必要があります。みらいエコ住宅2026事業においては、交付申請期限が2026年12月31日、交付申請の予約期限が2026年11月16日と定められています。いずれも予算の上限に達し次第受付が早期終了する可能性があるため、期限直前ではなく早期に申請手続きを完了できるよう余裕を持った計画を立ててください。

複数の支援制度を併用する場合は、それぞれの締切日や適用条件の整合性を事前に確認しておくことが必要です。認定通知書の交付が遅れて補助金の申請期限に間に合わないといった事態を防ぐためにも、全体の行程表を作成して期限管理を徹底しましょう。

住宅事業者が申請を代行してくれるか確認しておく

多くの補助金制度では、住宅事業者が申請主体となるか、あるいは施主に代わって代理手続きを行う仕組みとなっています。制度によっては事業者の登録が必須となるケースもあるため、依頼先を選定する段階で、該当する補助事業の登録・対応状況を確認しておくことが推奨されます。

住宅会社との商談時には、長期優良住宅の建築実績、補助金代行申請への対応可否、および標準仕様で認定基準を満たせるかどうかの3点を重点的に確認しましょう。標準仕様で不十分な場合、どの部分の変更にいくらの追加費用が必要かを明確に提示してもらうことで、補助金額とコスト増を比較して適正な判断が可能となります。

ヤマダホームズでは、断熱・耐震性能の仕様選定から認定取得に必要な手続きまで、実際の間取りや概算見積もりに基づいて丁寧にご案内しております。図面だけでは把握しにくい断熱施工の構造や耐震設計の考え方についても、モデルハウスにて実物をご確認いただけます。ぜひお近くのモデルハウスへお気軽にお越しください。

よくある質問

長期優良住宅にすると建築費はどのくらい上がりますか

施工会社の標準仕様がすでに長期優良住宅の認定基準を満たしている場合、主な追加費用は各種申請費用や技術的審査の手数料となります。一方、標準仕様が基準に満たない場合は、断熱材・サッシ・構造骨組みなどのアップグレードに伴う工事費用が加算されます。必要な追加工事項目や費用は施工会社の仕様により異なるため、見積書で詳細を確認した上で、受給できる補助金や減税額との差額を考慮して検討することをお勧めします。

子育て世帯や若者夫婦世帯に当てはまらない場合、補助金は受けられませんか

みらいエコ住宅2026事業においては、長期優良住宅およびZEH水準住宅の新築補助は子育て世帯または若者夫婦世帯に限定されています。ただし、世帯要件が設定されていないGX志向型住宅であれば補助対象となる可能性があるほか、自治体独自の補助金制度には世帯要件がない場合もあります。また、各種税制優遇については世帯要件にかかわらず適用が可能です。

認定を受けたあとに必要な手続きはありますか

認定を受けた維持保全計画に基づき、少なくとも10年ごとに点検を実施し、その点検記録を保管する義務が生じます。計画内容の変更や建物の譲渡を行う際にも、所管行政庁への届出・手続きが必要です。保管された点検記録は、将来住宅を売却・譲渡する際に建物の管理状態を証明する重要書類となりますので、大切に管理してください。

補助金と住宅ローン減税は両方使えますか

補助金と住宅ローン減税はそれぞれ独立した制度であるため、個別の要件を満たしていれば併用可能です。ただし、住宅ローン減税の計算においては、受給した補助金額を住宅の取得対価から控除して控除対象額（年末残高との比較額）を算出する規定が存在します。控除限度額の試算に影響を及ぼす場合があるため、確定申告前に税務署や税理士などの専門家へご相談ください。

着工したあとから長期優良住宅の認定を受けることはできますか

新築住宅における長期優良住宅の認定申請は必ず着工前に行う必要があるため、着工後に申請を受理してもらうことは不可能です。ただし、着工前に正しく提出されていれば、認定通知書の交付前に着工を開始することは認められています。認定取得をご希望の場合は、契約前の打ち合わせ段階で必ず施工会社へ申し出てください。

まとめ

長期優良住宅の認定を取得すると、新築時の補助金に加えて、住宅ローン減税をはじめとする各種税金の軽減や地震保険料の割引など、さまざまな優遇制度を組み合わせて活用できます。ただし、補助金は年度ごとに内容が変わるため、検討する時点で利用できる制度を公式情報で確認することが欠かせません。

また、認定を受けるには一定の住宅性能や面積、維持保全計画が必要で、申請は着工前に済ませる必要があります。制度のメリットを十分に生かすために、早い段階から住宅会社に相談し、仕様や費用、申請スケジュールを確認しながら計画を進めましょう。